Na sua segunda época no emblema micaelense, o treinador Carlos Pinto, que já tinha passado no clube em 2015/16 antes de orientar o Paços de Ferreira, foi bem sucedido na 'maratona' da II Liga, sendo apenas superado pelos também insulares do Nacional.
Com um plantel experiente, com jogadores como Minhoca, Rafael Batatinha, Serginho e Clemente, o Santa Clara, detentor da melhor defesa do campeonato, com 38 golos sofridos, empreendeu um percurso equilibrado, conquistando 10 triunfos em casa e oito como visitante, totalizando ainda nove empates e nove derrotas.
Os brasileiros Thiago Santana e Fernando Andrade, com 15 e 11 golos, foram fundamentais na equipa açoriana, uma importância atestada com os tentos do triunfo de hoje na receção ao lanterna-vermelha Real Massamá, por 3-0.
O Santa Clara consolidou a candidatura à subida na segunda metade da época e, desde janeiro, só perdeu três dos 19 jogos disputados, contando ainda quatro igualdades -- entre as quais frente ao Nacional (3-3) e ao Arouca (0-0) -- e triunfos importantes como na visita à Académica (1-0).
Hoje, já com o Nacional promovido, graças aos desaires de Penafiel e Académica, no sábado, o Santa Clara celebrou a subida num encontro que decorreu em simultâneo com as festas do Santo Cristo de Ponta Delgada.
A poucos dias de cumprir 91 anos, o Santa Clara conquistou o direito de disputar pela quarta vez o campeonato principal, no qual tem como melhor classificação o 14.º lugar em 2001/02 -- sob o comando dos 'históricos' Carlos Manuel e Manuel Fernandes, que terminou a época.
As outras duas temporadas resultaram em despromoção, em 1999/2000, com o 18.º e último lugar do campeonato, sob o comando de Manuel Fernandes, e, depois, com o 17.º e penúltimo em 2002/03, a dois pontos da 'salva' Académica (15.º), numa época em que orientaram a equipa os inevitáveis Carlos Manuel, primeiro, e Manuel Fernandes e, finalmente, do falecido Carlos Alberto Silva, bicampeão pelo FC Porto.
Manuel Fernandes esteve no clube nas duas anteriores subidas, conseguindo o terceiro lugar do segundo escalão em 1998/99 e iniciando a época de 2000/01 - que viria a terminar no Sporting, sucedendo a Augusto Inácio -, que Carlos Manuel terminou conquistando o título de campeão da II Liga de 2000/01.
Desde a última passagem pelo primeiro escalão, o Santa Clara 'penou' na II Liga, tendo ficado perto da subida em 2008/09, com o terceiro lugar, a dois pontos da promovida União de Leiria e a seis do campeão Olhanense, tendo como treinador Vítor Pereira, que também viria a conquistar dois títulos no FC Porto.
O atual treinador dos chineses do Shangai SIPG voltaria a ficar perto da subida, em 2009/10, quando terminou a escassos três pontos dos promovidos Beira-Mar e Portimonense, mas também atrás do Feirense, terceiro classificado com mais um ponto do que os açorianos.
O outro quarto lugar foi alcançado em 2006/07, sob o comando de Paulo Sérgio, que viria a treinar o Sporting, terminando o campeonato a cinco pontos dos lugares de subida de Vitória de Guimarães e Leixões.
Nestas 14 temporadas, o Santa Clara também passou por momentos de 'aflição', nomeadamente na época 2004/05, quando, com o treinador Ricardo Formosinho, terminou no 15.º posto, o primeiro acima da zona de descida, com os mesmos 39 pontos do despromovido Gondomar, graças à goleada por 4-0 à promovida Naval 1.º de Maio e ao empate dos gondomarenses frente ao Leixões.
